当前生物信息业的发展：
生物信息业的商业化部分是为内部的制药研究提供生物软件、计算工具和拥有版权的数据库。生物信息公司为进行全方面的药物开发的生物公司和制药公司提供各种咨询和信息服务。一些生物信息公司为药物的开发提供研究开发的设备，而另一些则只是专门提供软件的开发和咨询。私营的生物信息公司将其业务拓展到各个方面：软件工程，计算工具的开发，咨询，数据库的建立和改进，以及特定的疾病靶目标的研究。按通常的定义，任何生产、开发生物类计算工具、数据库和生物软件的公司都可以被称为生物信息公司。许多大大小小的生物技术和制药公司拥有自己的生物信息部门，多是从原先的生物信息咨询部门或是公司内部使用商业化的数据库和生物信息软件发展而来的。
以下列出的是一些致力于软件、数据库开发和咨询服务的生物信息公司。这些开发基因组和生物信息技术、改良的数据库搜索工具和更加完善的运算方法的公司正在不断增长。当然，还有不少比例的小型生物信息公司。许多大型的制药公司都拥有用于他们专有数据库的特定的生物信息处理系统。以下的生物信息公司的概述都来自于这些公司的主页，另外的信息也可以从这些公司各自的网站上获得。
AlphaGene, Inc.
260 West Cummings Park
Woburn, Massachusetts 01801
Tel: 617-242-5200 Fax: 617-242-2620
e-mail: info@alphagene.com
web site: www.alphagene.com
技术
AlphaGene 是一家从事开发靶基因和靶蛋白发现方法以加速药物开发的功能基因组公司。FLEXTM (全长基因表达技术)是AlphaGene的专利核心技术，用于快速合成、纯化、分析全长的表达基因。AlphaGenomicTM项目中的FLEXTM技术包括：
1] 高质量，高信息量的全长基因的快速生产，其来源是源于正常和疾病个体组织的具有专利权的cDNA文库。
2] 高生产能力的基因芯片技术，可以通过对基因表达的测定以确定是正常还是疾病个体。
3] 对编码参与生化和信号传导系统蛋白的基因家族进行跟踪确定。
4] 高性能的自动化系统可以迅速捕捉分析正常和疾病个体组织中的全长DNA序列。
5] 生物信息学技术方面：利用专有的系统对全长基因进行生物功能预测，以及基因组数据库中结构功能信息与特定疾病条件之间关系的预测。
AlphaGene的生物信息软件产品提供如下功能支持：
1] 一套用于a bar-coded system中收集、储存、可进行信息修复的追踪系统
2] 用于监控文库和序列产品的质量控制系统
3] 内含5‘ 和3‘末端序列和完整全长基因的专有数据库的生物信息软件
4] AlphaGene数据库由一些专有的和公开的运算法则组成，主要用于对重要的基因组特征进行自动化和常规分析。通过内部和外部的数据库进行完整基因、5‘ 和3‘末端序列的同源性比较。
AlphaGene已经确定了一些在Alzheimer疾病、组织缺氧和cAMP激活的神经组织中起调控作用的基因。
Axiom Biotechnologies Inc.
3550 General Atomics Court
San Diego, California 92121
Tel: 619-455-4500 Fax: 619-455-4501
e-mail: pandi@axiombio.com
web site: www.axiombio.com
技术
Axiom开发用于操作处理大量药理学试验数据的信息工具，实验室信息处理系统（laboratory information management system ，LIMS)使得AxiomHT-PS（高产量药理扫描系统）数据的储存、处理、评估更为简易。LIMS系统是建立在ORACLE平台上，专门为进行生物信息学研究的客户定值得。Axiom正在开发处理HT-PS数据的信息分析工具，以鉴定药理上相关的化学框架，得到复杂的药理学数据的趋势走向，并确定一些分泌蛋白的可能功能。HT-PS是一项独特的技术，使得能力和选择性能够在一次自动化的鉴别中就能得到评估，这项技术能通过细胞的即时生物反应来发现复合物的生物活性。这一单一的自动流程通过细胞内盐离子浓度的细微变化，得到复合物活性、能量和选择性方面的功能信息。这些信息可以被用于以天然细胞为基础的试验，得到更多的体内细胞水平的复合物功能。
Axys Pharmaceutical, Inc.
180 Kimball Way
South San Francisco, California 94080
Tel: 650-829-1000 Fax: 650-829-1001
e-mail: david_gennarelli@axyspharm.com
web site: www.axyspharm.com
技术
Axys拥有以工业化基因发现技术和功能基因组技术为基础的基因组研究设备。Axys应用其功能基因组和生物信息技术方面的能力，包括模式生物方面的研究，来阐明基因的功能、发展化学测试试剂以及为制药的研发寻找潜在的具有相当功能的复合物。Axys拥有已建成的网络、数据库管理系统和计算机运算法则以不断提高这些用于遗传信息研究的数据库。
实验室信息处理系统（Laboratory Information Management System ，LIMS)，支持设备数据的自动获得，同时也适用于公共生物医药信息的整合。该系统推动了数据的高速获取、实验室数据的智能化存储、实验室资源的优化、实验设计的优化、并行运算的高性能化。另外，LIMS系统也是用于大规模的遗传和物理图谱、连锁分析、序列构建、同源比较、序列比较以及结构预测，该系统还以互联网资源不断的提供最新的数据。
治疗范围包括：呼吸道系统疾病，心血管系统疾病，新陈代谢疾病以及感染性疾病，肿瘤，II型糖尿病，哮喘，骨质疏松症，肥胖症，精神分裂症，抑郁症以及中枢神经系统紊乱。
Base4 Bioinformatics Inc.
6299 Airport Road, Suite 601
Mississauga, Ontario L4V 1N3
Tel: 905-677-0532 Fax: 905-677-1122
e-mail: info@base4.com
web site: www.base4.com
技术
Base4生物信息有限公司是一家为制药及生物技术工业提供综合生物信息服务的供应商，其主要的核心是在数据和知识情报的处理。Base4为大型的数据包开发常规的管理系统。
PharMatrix 是Base4的主要软件，以网上知识资源为基础，满足制药业和生物技术工业的特殊需求。客户利用PharMatrix来处理情报收集、使用、分配和保存。
Base4常规数据库通过其说明书、设计、研发、执行和测试阶段向客户展示其精湛的技术，并最终最大程度的达到客户的目标要求。
Cadus Pharmaceutical Corporation
777 Old Saw Mill River Road
Terrytown, New York 10591
Tel :914-467-6200 Fax: 914-345-3565
e-mail: info@cadus.com
web site: www.cadus.com
技术
其最主要的技术核心是G蛋白耦联受体和相关的信号传导途径，Cadus发明了其专有的测试系统以确定某些复合物潜在的治疗活性。Cadus的药物发现技术充分利用了酵母和人类基因组的相似性，并使用酵母细胞作为测试平台。这项技术已经被转化到拥有4种专利药物发现技术的商业平台上，以弥补现有药物发现技术的不足，同时也可以充分利用人类基因组计划的最新发现。
自我选择组合文库（Self Selecting Combinatorial Library ，SSCLTM ）是一种以酵母为基础的产品，可以用来检测一些没有已知配体或是功能不明的新的G蛋白偶联受体的基因。Cadus 将带有连接肽表达文库的孤独受体（orphan receptor）插入特有的酵母系统，以确定哪种配体激活了孤独受体。当配体被确定后，他们用配体去研究孤独受体作为药物靶的可能性。
Cadus用于内部的和外部合作的治疗范围包括：炎症，肠胃不适，过敏，哮喘，心血管病以及代谢疾病。
Cellomics, Inc.
635 William Pitt Way
Pittsburgh, Pennsylvania 15238
Tel: 412-826-3600 Fax: 412-826-3850
e-mail: cellomics@cellomics.com
web site: www.cellomics.com
技术
Cellomics的主要技术是一种细胞水平上的综合性的检测平台，包括专有的高通量的检测系统，荧光试剂和生物信息学软件。CellomicsTM是用于优化药物开发的数据库。
CuraGen Corporation
555 Long Wharf Drive
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 1-888-GENOMICS Fax: 203-401-3333
e-mail: info@curagen.com
web site: www.curagen.com
技术
CuraGen拥有的高度整合的基因组程序是被设计用来获取一些全面的信息，其中有关于基因表达的(GeneCalling)，有关于生物途径的(PathCallingTM)，有关于潜在的药物的(HitCallingTM )，以及药物反应的(Pharmacogenomics)。可以通过GeneScape生物信息系统从互联网进入CuraGen的虚拟实验室和专有数据库。
该公司同时也致力于在CNS、糖尿病、自身免疫紊乱、癌、感染以及心血管疾病的药物开发。
Genaissance Pharmaceuticals
Five Science Park
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 203: 773-1450 Fax: 203-562-9377
e-mail: info@genaissance.com
web site: www.genaissance.com
技术
Genaissance是一家药物基因组公司，他承诺进行私人化药物的开发工作。每一种基因在病人群体中都有许多的变异体和突变体，每一个都可以成为药物的作用靶。该公司正在开发这些基因的变异体，用于探求新的治疗靶位点和相关的主要作用物。Genaissance依靠其在综合的遗传信息、医学信息学和数据分析工具上的全面的生物信息学平台，正在试图发现人类遗传漂变和临床治疗结果之间的显著相关性。
Genaissance生物信息学平台是建立在综合的群体信息的基础上，包括治疗靶位点的遗传漂变（单倍体），临床数据和生物学数据（功能和连接试验）。其专有的将基因变化信息同治疗、疾病进行相关分析的分析工具正在开发中。Genaissance DecoGenTM浏览器提供了在相关数据库中进行查询、获取结果和进行分析的功能。Genaissance拥有可用于同外部制药伙伴进行高速、安全、秘密的信息交流的连接网络。
GENE LOGIC, INC.
708 Quince Orchard Road
Gaithersburg, Maryland 20878
Tel: 301-987-1700 and 510-649-3444 Fax: 301-987-1701
e-mail: spush@genelogic.com
web site: www.genelogic.com
技术
GENE LOGIC是一家从事基因组开发的公司，主要发展差异表达数据库和管理、整合基因组数据库的软件。
Gene Logic的专利产品包括用来进行新的药物作用靶开发的数据库，新药主导作用的鉴定技术，以及用于将生物信息管理和整合进药物开发流程的综合型的生物信息系统。
READSTM可以得出基因表达的整体轮廓，提供了关于所有基因在组织样品中表达的大量信息。READS可以分辨出在疾病的发生和发展阶段，基因表达上的变化。Flow-thru ChipTM是通过新药对于基因表达影响来确定起作用功能的一种技术。
Data Logic 是Gene Logic在加州伯克利的分部，主要开发数据处理工具。面对协议模式(Object-Protocol，OPM)是一种允许用户确定其数据库结构的面向对象的数据模式，它有助于利用商业化的相关数据库处理系统（如Oracle 和Sybase）进行新数据库的快速研发。
Genome Therapeutics Corporation
100 Beaver Street
Waltham, Massachusetts 02154-8440
Tel: 781- 398-2300 Fax: 617 893-9535
e-mail: webster@genomecorp.com
web site: www.genomecorp.com
技术
Genome Therapeutics的生物信息项目包括：基因靶位点的确定，主导基因的确定（高生产能力的基因剔除），蛋白表达和纯化，以及生物鉴定的开发。他们的Pathogen Genomics（病原体基因组）技术可以用于确定重要的与医药相关的细菌和真菌的DNA序列。
Genome Therapeutics的用于基因表达研究和功能分析的疾病基因开发工具可以快速的确定在病理上起作用的基因。PathoGenome数据库是以微生物基因组信息为主的商业化的综合数据库，提供了关于重要的微生物和真菌的数量空前的信息，这些序列信息十分的有序，同时有一些重要的评注。他们还为客户定制面向专门的生物信息软件的数据库。
Genome Therapeutics主要研究的疾病包括：骨质疏松症，哮喘，精神紊乱，以及肿瘤学。
Genset S.A.
24, rue Royale 75008 Paris FRANCE
Tel: +33 1 55 04 59 00 Fax: +33 1 55 04 59 29
e-mail: info@genxy.com or investors@genset.fr
web site: http://www.genxy.com
U.S.A. Subsidiary:
Genset Corporation
875 Prospect Street, Suite 206
La Jolla, California 92037
Tel: 619-551-3000 Fax: 619-551-3001
技术
Genset是一家全球性的基因组公司，主要运用其专有的高产量的基因组技术平台帮助进行疾病和药物反应中的基因的开发。这个平台是以大范围的绘图、测序、基因分型、多态性分析为基础的。另外，Genset利用艺术级的生物信息和生物统计工具处理它内含专有的基因组信息的庞大的数据库，后者中的信息是用于确定和复杂性状相关的标记和基因的。公司中生物信息学和生物统计方面的联合团队，已经开发了用于确定与常见疾病和药物反应相关的单核苷酸多态性、全长基因序列的计算工具。
Genset在前列腺癌和精神分裂的致病基因的研发上有自己的战略伙伴，整个项目包括了如下疾病：癌症、CNS紊乱症、心血管疾病、骨质疏松症和肥胖症。
在开发与药物反应及副作用相关的新标记和基因的生药学研究中，Genset是其中的先锋，它与其战略伙伴在确定肝毒素症、哮喘的相关标记和基因的研究中互相合作。
Human Genome Sciences, Inc.
9410 Key West Avenue
Rockville, Maryland 20850
Tel: 301-309-8504 Fax: 301-309-8512
e-mail: info@hgsi.com
web site: www.hgsi.com
Human Genome Sciences利用其专有的高产量的基因发现能力以及功能测试技术，进行新发现基因在药理学方面的功能研究。通过区分细胞活化和发展的条件，他们已经建立了一个大型的快速增长的人和微生物基因和基因表达分析模型的数据库。Human Genome Sciences运用基因的有关信息，开发人体的蛋白用于药物的开发研究。公司拥有169项全长人基因及其相关蛋白的专利，并同制药公司签订协议，帮助改进他们的药物开发技术。
Hyseq
670 Almanor Avenue Sunnyvale, California 94086
Tel 408-524-8100
Fax 408-524-8141
e-mail: un@sbh.com
web site: www.hyseq.com
技术
Hyseq利用他专有的基因发现技术，一方面同制药和生物技术公司合作，同时也开展公司内部的基因开发项目。生物信息组在Hyseq进行信息及分析结果的操作、存储、再生，这其中包括：基因开发分析，Hyseq的多态性项目中的单核苷酸多态性分析和疾病相关分析，科研和商业化软件的开发，为Hyseq - PE 的HyChip Early Access项目提供支持服务。
Hyseq的技术平台是建立在杂交测序（Sequencing by Hybridization ，SBH）的基础上的，SBH是指用已知序列的标记探针同未知序列的DNA样品进行杂交。通过杂交过程，连接上去的探针可以被用来装配DNA样品，或是作为将先前未知序列的DNA样品在DNA或cDNA文库的基础上进行归类的信号标记。这种对于DNA样品的信号分析或是序列装配，在Hyseq生物信息组所提供的专有软件的帮助下变得更为方便。
作为Hyseq的专有技术，SHB在基因组方面拥有多种用途。HyChipTM 系统利用DNA探针和特定位点标记的探针形成的一个芯片，来区分参照样本和测试样本间单个碱基的不同，该系统也可以被用来进行测序，因为其含有所有可能的探针组合，一张芯片就可以同时检测许多位点。
Hyseq的基因开发平台拥有以下的用途：基因确定，表达水品的鉴定，基因的差异表达，基因网络的确定，基因和基因组图谱的绘制。HyGnosticsTM平台进行疾病相关基因的测序和分析工作。利用大量的临床病例和遗传信息，Hyseq已经在其HyPaceTM数据库中确定了与心血管疾病相连锁的一些基因、基因突变和多态性。Hyseq和它的合作伙伴将继续进行药物的疾病靶位点的开发，是适合于个体遗传组成的药物治疗更为优化。
Hyseq的功能基因组正在进行一系列高通量的功能性测试，以使得靶位点的发现流程更为方便，这些测试是将具体的功能和序列相联系。Hyseq确信他专有的基因数据库会含有很多与以前发现的基因具有很大不同的基因。Hyseq的目标是开发出高产量的生产流程，能将这些具有潜在价值的基因同重要的疾病阶段相联系，以得到在治疗方面的应用。
Hyseq在与制药公司和生物技术公司进行合作及其内部的基因开发项目中运用了其专有的技术，该技术在分析大量的DNA样本以及在排除多余信息发挥它的作用，有助于研究一些在每个细胞中少于一个拷贝的罕见基因。与其他基因组方法相比，Hyseq的专有技术允许同时进行新基因的确定及其表达水平的评定，而不需要预先知道其序列方面的信息。
对于其HyProfile数据库，公司拥有充足的潜在产品的收集，是由功能基因组小组进行了这些潜在产品的确认。这些产品是存在于人体中某些主要的功能系统中的靶对象，包括心血管系统，中枢神经系统以及免疫和内分泌系统。Hyseq正在验证它的一些产品包括interleuklins，chemokines，生长因子，干细胞因子，干扰素，整合素，激素以及他们的受体。没有被该公司发展的其他单个候选基因产品被出售给其他的制药类和主要的生物技术公司。
Perkin-Elmer和Hyseq提供的PE HyChip Early Access项目，已在产品系列被正式推向市场之前选择参与者。
Incyte Pharmaceuticals, Inc.
Incyte Genetics Division
3174 Porter Drive
Palo Alto, California 94304
Tel: 650-855-0555 Fax: 650-845-4176
e-mail: employ@incyte.com
web site: www.incyte.com
技术
Incyte Pharmaceuticals 的Incyte遗传分部致力于遗传漂变在疾病和药物反应中的作用，正在进行一个人类基因组完全转录和大规模的基因组序列的数据库，该数据库主要集中于每个人类基因中带有单核苷酸多态性的基因富集区域。
Incyte拥有的基因组数据库可用于基因开发，表达，测序，绘图，以及人、微生物、动物、植物的多态性信息。Incyte的数据库资源对于制药和生物技术方面是公开的，包括一些处理数据和确定基因的生物分析工具。
Incyte的遗传部位置药工业提供完整的多态性、图谱、以及序列项目的服务。同时Incyte还提供一系列的数据库解决方案，LifeSeq一种人类基因序列和表达信息数据库，主要包含的是基因片断或是来自于正常和疾病细胞、组织的EST序列，还整合进了清晰的数据和分析工具。LifeSeq是各种来源于大量公共数据库、经过编辑评注的基因序列和表达信息。LifeSeq FL是一个人类全长基因序列和表达及其相关cDNA图谱的数据库，LifeSeq3DL是进行数据收集和处理的软件，使得Life Seq的数据以多维、关联的形式呈现。LifeToolsTM是为基因组学研究提供数据和方案管理的生物信息学软件。LifeSeq AtlasTM 是基因绘图和表达的数据库，是科研人员可以方便的从Incyte的克隆到他们的染色体定位，或是从染色体的定位到感兴趣的基因。PathoSeqTM是一个以致病微生物为重点的细菌和真菌的基因序列信息数据库。ZooSeqTM是用于药物药理学和毒物学潜伏期研究的动物的基因序列和表达信息的数据库。PhytoSeqTM是植物基因组的基因序列和表达信息的数据库。定制的基因组数据库是为单个公司特别建成的，包含了他们自己专有的序列数据。
Incyte的生物芯片和生物芯片软件工具是为预先选择基因、同时调控成千上万的基因的表达水平、将基因的活性同特定的疾病阶段相联系而设计的。Incyte生物芯片兼有公开的和私有的序列。LifeArrayTM是用于处理、装载、查询及显示生物芯片杂交试验数据结果的软件工具。
The Institute for Genomic Research
9712 Medical Center Drive
Rockville, Maryland 20850
Fax: 301-838-0208
web site: www.tigr.org
技术: Institute for Genomic Research是一家非盈利性的研究机构，致力于病毒、真菌、致病细菌、真核生物（动物植物，包括人在内）基因组的结构、功能、和比较分析，还进行其中基因产品的开发。该研究所有一个大型的DNA测序实验室，拥有进行生物信息学、生物化学和分子生物学研究的先进的设备。
Institute for Genomic Research有选择的向科学界开放了一批软件，供非盈利性的机构在其非商业性的研究中使用。
Millennium Pharmaceuticals, Inc.
640 Memorial Drive, 3rd Floor
Cambridge, Massachusetts 02139
Tel: 617-374-9480 Fax: 617-374-9379
e-mail: levin@mpi.com
web site: www.mlnm.com
技术: Millennium Pharmaceuticals开发其专有的信息学工具，用于数据分析和信息的产生。Millennium的业务包括新基因的鉴定、测序、绘图、功能鉴定等多个步骤的技术服务。Millennium的生物信息业务可鉴定与常见病相关的基因，并确定它们在疾病发生和发展中扮演的角色。
Millennium在以下方面建立了其专有的技术：表达谱、基因图谱、定位克隆、生化测试、细胞学测试、转基因剔除模型等为其新药开发平台服务的方面。ExplorerTM是用于获取、存储、分析大量高通量的DNA序列数据的软件包
NetGenetics, Inc.
1717 E. Ninth St., Suite 1600
Cleveland, Ohio 44114
Tel: 216-861-4007 or 888-861-9007 Fax: 216-861-4777
e-mail: contact@netgenetics.com
web site: www.netgenetics.com
技术
NetGenics开发和配置企业规模的信息技术方案，用于加速药物开发的进程。对于清楚的知道药物的治病机理、各个有效成分在疾病的进程中所发挥的作用的制药学来说，药物开发仅仅是最开始的阶段。NetGenics的技术路线帮助科学家有效的处理不断增长的、用于药物开发的生物和化学数据。
NetGenics为制药学研究信息的处理提供全面支持的软件和服务，SYNERGYTM的软件是为研究机构设计用于在企业规模的信息系统中整合专有的、已存在的、得到许可的系统。SYNERGYTM的服务通过外源系统的管理、软件开发、终端用户支持功能的介入，而拓宽了研究部门的能力。
SYNERGYTM是以计算为基础的公司组成部分，提供药物开发信息学中的有效服务。他灵活的框架结构可以适应客户各种细致的要求：从内部的技术参谋到为公司研究发展提供特殊的、具有竞争性的方案。SYNERGYTM在当今全球性制药合作的体系中，推动了企业规模的研究合作。通过提供单个的，团队结构的用户界面，SYNERGYTM允许研究人员即时地在不同的地方可以共享项目的信息和发现。
SYNERGYTM的网络框架将科学领域内外的分析的数据形式和软件工具有机的连接起来，跨领域的整合可以是生物和化学过程间的联系更容易理解，加速了新的候选药物的发现。SYNERGYTM最新的公布包括了DNA和蛋白序列分析的工具。正在发胀中的产品将把药物开发、序列数据中的信息和化学信息相整合。
制药学研究中需要整合的、灵活的、易于支持的计算系统，NetGenics的SYNERGYTM网络框架提供了独立的Java平台，SYNERGYTM的CORBA服务器提供了不同的程序和数据可以进行交流的环境。这个体系的结果便是软件和数据完美的整合，可以通过普通的客户终端面向科学家。有了SYNERGYTM，科学家可以方便的进行计算机操作，而不需要考虑其操作系统或是程序语言。
NetGenics将其软件和协作工程服务、终端用户和开发者、24小时使用帮助（由NetGenics科研领域的专家和计算机方面的专家组成）联合在一起。
Oxford GlycoSciences
10 The Quadrant
Abingdon Science Park
Abingdon, Oxfordshire OX14 3YS UK
Tel: +44 1235 543265 Fax: +44 1235 527799
e-mail: info@ogs.co.uk
web site: www.ogs.com
技术
Oxford GlycoSciences是以蛋白质基因组为基础的数据库开发公司，蛋白质基因组学是研究正常和疾病细胞中蛋白质的表达差异，以新的药物位点开发或是疾病的分子标记为目的而将基因序列同基因功能相联系。
OGS的蛋白质基因组能力体现在它新颖的专有的ProteoGraphTM和ROSETTATM技术上，这些技术提供了直接的蛋白确定和测序能力，从而将基因、蛋白、和疾病过程相联系。
对每一个样品，OGS利用ROSETTATM软件在数据库中记录它所有的来源信息，可以通过其唯一的条形码进行检索。然后这些样品被分解成他们的组成蛋白，以数码图像的形式将其蛋白表达图谱得到。OGS利用这些数码图像可以自动的进行大量疾病和参照样品的比较，从统计学的角度获得大量蛋白中存在的显著差异。这个过程的结果可以通过ROSETTATM软件用图表的形式显示。蛋白质的确定过程是高度自动化的，感兴趣的蛋白被分离，打断成许多的肽段。单个片断的氨基酸序列被测定以后，通过专有的程序（是ROSETTATM软件的组成部分）同蛋白质和基因组数据库进行比较。没有被确定的氨基酸序列被重新测定。
Oxford Molecular Group
2105 So. Bascom Ave
Campbell, California 95008
Tel: 408 879-6300 Fax: 408 879-6302
e-mail: products@oxmol.com
web site: www.oxmol.com
技术
Oxford Molecular为化学制药的开发研究和生物技术研究者研制开发软件工具，已开发的软件产品种类有：生物信息学方面、桌面化学处理系统、分子模型方面、毒物学、化学数据库以及企业规模的数据处理系统。
Oxford Molecular的生物信息学产品如下：AcM是为与人体免疫系统相适应的人体抗体而设的一系列程序。BIONET是通向高性能计算机上强大的序列分析和数据库搜索工具的在现服务。Chameleon是一种3D的序列队列模拟系统，提供了序列和结构之间的动态显示。GENESEQ是一种内含超过200，000中非专利的DNA和蛋白序列的数据库，MacVectorTM和AssemblyLIGNTM通过通向Entrez数据库的网上途径进行DNA和蛋白序列数据的操作，MPSRCH是在MasPar大型并行计算机上配合高通量DNA和蛋白搜索工具Smith-Waterman程序运用而设立的，OMIGA是一种覆盖了所有序列分析中问题工具：多重alignments分析、motif扫描等等。SPS Cross_Match软件用于提高两组DNA或是蛋白序列的比较速度。SPS Phrap利用标准的硬件设备提高汇集能力，SPS SWAT利用标准硬件提高多重序列分析能力。Wisconsin是用于企业规模的序列分析和数据库处理的综合性标准数据库软件包。
Oxford Molecular的化学信息学产品如下：RS3 Discovery允许化学结构的储存、搜索和重建，RS3 HTS是对高产量的测试试验的数据进行储存和分析的工具，CSAPTM是一种高工量的易用的测试工具，用于组织微型板、程序、测试数据、化学成分和数据分析。Chemical Information System是通向30多个重要化学和环境学数据库的在线服务，DIVA可以将电子数据表模型的成千行的化学结构和特性信息的数据，进行可视化和进一步分析。Kekul是一种分子绘制程序，通过与ISIS, ChemDrawTM和其他通用程序的简单整合，可以与扫描仪一起用于将打印的文件转化成计算机可读的电子模型。
Pangea Systems, Inc.
Lake Merit Plaza
1999 Harrison Street, Suite 1100
Oakland, California 94612
Tel: 510-628-0100, and 800-7PANGEA Fax: 510-628-0108
e-mail: services@pangea.com
web site: www.pangeasystems.com
技术
Pangea系统为开发生物制药工业药物开发中的生物信息学工具、数据库以及服务。Pangea配合常规的方法进行研究项目的跟踪、大量科学数据的自动化分析和评注、从大量的来源中整合进新的和已存在的数据。Pangea的应用软件和数据设置能够作为独立的项目或是完全互相整合或是与客户已有的程序相整合。Pangea的程序与所有的计算机平台都兼容，与工业标准的软件和数据库流畅的执行，程序的操作能够被经过初步培训的职员所掌握。Pangea系统提供了技术产品支持、计划和安装、系统整合、维护和专业的服务及咨询。
Pangea的应用软件对于公开的和私有的数据都有用，GeneMill 2.0作为一种序列克隆库和工作流程管理系统，是为专门的测序实验室设计的。GeneWorld 3.5是自动的、灵活、高通量的应用程序，用于分析和处理DNA和蛋白质的测序数据。
Pangea的计算工具包括：收集和排列工具，用于从表达序列标签和片断序列的信息中重建出全长的基因序列。Pathway工具是用于建立、查询、分析、和拓展综合的传导途径和基因组数据库的。
Paracel, Inc.
80 S. Lake Ave., Suite 650
Pasadena, California 91101-2616
Tel: 626-744-2000 Fax: 626-744-2001
e-mail: info@paracel.com
web site: www.paracel.com
技术
Paracel开发和销售以制药、生物技术和政府市场为对象的高效的基因组数据分析系统。Paracel最初建立于1992年，是从TRW派生出来的，公司已从原先的先进的过滤技术发展到数百种高效的硬件系统。
Paracel用于加快基因组数据分析的最新的系统：GeneMatcherTM，是特别为大范围的序列同源搜索而设计的，它运用最灵敏的动态程序运算法则，以惊人的速度进行数据相似性的分析。Paracel的软件产品：BioView ToolkitTM和BioView WorkbenchTM是用户可以方便的在GeneMatcher上从各种网络计算机平台上进行标准的常规搜索。
PE Informatics
1660 Old Pecos Trail, Suite D
Santa Fe, New Mexico 87505
Tel: 888- 644-6300 or 800-345-5224
e-mail: cortezad@perkin-elmer.com
web site: www.peinformatics.com
技术
PE的信息学产业提供了整合的程序方案、服务、情报以加快研究和开发的进程。PE Biosystems是PE公司的生命科学分部，它的建立加快了制药业、诊断学、人的鉴定、食品和环境测定、农业以及基础研究的进展。
BioLIMSTM软件是为ABI PRISM DNA测序仪而编写的，用于进行自动化的数据收集、分析和处理的生物信息学产物。BioMerge是一种多平台的，客户/服务器用于数据分析的信息软件系列，也可以提供集成的公共的和私人的数据。
SQL*GTTM是进行DNA样品追踪的软件程序，利用上游样品和流程的管理来注册样品信息、管理工作流程、产生样品说明页并追踪样品。它同ABI PRISM遗传分析系统相整合，并与其它的PE信息学产品完全兼容。
BioLIMSTM软件是用于遗传数据的收集、自动化的分析、样品分析列表的产生、监控数据的完整性。BioMerge软件是一种下游数据的整合分析工具，用以更新多来源的数据，使数据的分析、分拣和可视成为自动化。
PE Informatics的专业服务部门为客户的需要开发常规的程序，包括：数据库的注册建立、系统的注册、网络协议和项目管理。服务内容包括：现有系统的定点整合，工作流程分析，系统优化，数据迁移，程序管理，系统升级，系统维护，系统定制以及特殊用途程序的开发。
Structural Bioinformatics, Inc.
10929 Technology Place
San Diego, California 92127
Tel: 619-675 2400 Fax: 619 -51 3828
e-mail: sburgess@strubix.com
web site: www.strubix.com
Technology
Structural Bioinformatics Inc. (SBI) 通过缩小基因序列和药物开发间的差距，加快了新药的研发。新药主要成分的开发是运用蛋白质的结构信息在小分子数据库中搜索出潜在的活化组分，它的同源模型和特有的环形法则是基因序列信息产生可能的蛋白结构。然后在SBI专有的DynaPharmTM技术的帮助下，蛋白质的结构特征可以被用来在化学数据库中进行检索。通过同CombiLibTM数据库（容易合成的候选药物数据库）的联合，它为药物主要成分的研发提供了快速有效的方法。
在1999年，SBI将启动它的第一个生物信息学产品：SbdBaseTM，一个疾病基因的蛋白产物的结构及其分析工具的数据库。SbdBase为模型工作者、化学家、和分子生物学家提供了从桌面通向专业的蛋白质模型的途径，并带有其分析工具。
ZymoGenetics, Inc.
1201 Eastlake Avenue East
Seattle, Washington 98102
Tel: 206-442-6600 Fax: 206-442-6608
e-mail: hr@zgi.com
www.bio.com/co/co.html
技术
它的Biomolecular Informatics Department将数据库分拣、分子建模和核酸化学联合起来，在公开和商业化的数据库的cDNA和基因序列中寻找新的蛋白。蛋白结构的专门技术使得ZymoGenetics的科学家们能够找出有希望成为药物靶位点和药物蛋白的序列，以这些序列作为出发点的一系列研究阐明了这些基因所编码的蛋白的活性、生理角色以及可能的药物作用。
Paracel用于加快基因组数据分析的最新的系统：GeneMatcherTM，是特别为大范围的序列同源搜索而设计的，它运用最灵敏的动态程序运算法则，以惊人的速度进行数据相似性的分析。Paracel的软件产品：BioView ToolkitTM和BioView WorkbenchTM是用户可以方便的在GeneMatcher上从各种网络计算机平台上进行标准的常规搜索。
PE Informatics
1660 Old Pecos Trail, Suite D
Santa Fe, New Mexico 87505
Tel: 888- 644-6300 or 800-345-5224
e-mail: cortezad@perkin-elmer.com
web site: www.peinformatics.com
技术
PE的信息学产业提供了整合的程序方案、服务、情报以加快研究和开发的进程。PE Biosystems是PE公司的生命科学分部，它的建立加快了制药业、诊断学、人的鉴定、食品和环境测定、农业以及基础研究的进展。
BioLIMSTM软件是为ABI PRISM DNA测序仪而编写的，用于进行自动化的数据收集、分析和处理的生物信息学产物。BioMerge是一种多平台的，客户/服务器用于数据分析的信息软件系列，也可以提供集成的公共的和私人的数据。
SQL*GTTM是进行DNA样品追踪的软件程序，利用上游样品和流程的管理来注册样品信息、管理工作流程、产生样品说明页并追踪样品。它同ABI PRISM遗传分析系统相整合，并与其它的PE信息学产品完全兼容。
BioLIMSTM软件是用于遗传数据的收集、自动化的分析、样品分析列表的产生、监控数据的完整性。BioMerge软件是一种下游数据的整合分析工具，用以更新多来源的数据，使数据的分析、分拣和可视成为自动化。
PE Informatics的专业服务部门为客户的需要开发常规的程序，包括：数据库的注册建立、系统的注册、网络协议和项目管理。服务内容包括：现有系统的定点整合，工作流程分析，系统优化，数据迁移，程序管理，系统升级，系统维护，系统定制以及特殊用途程序的开发。
Structural Bioinformatics, Inc.
10929 Technology Place
San Diego, California 92127
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e-mail: sburgess@strubix.com
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Structural Bioinformatics Inc. (SBI) 通过缩小基因序列和药物开发间的差距，加快了新药的研发。新药主要成分的开发是运用蛋白质的结构信息在小分子数据库中搜索出潜在的活化组分，它的同源模型和特有的环形法则是基因序列信息产生可能的蛋白结构。然后在SBI专有的DynaPharmTM技术的帮助下，蛋白质的结构特征可以被用来在化学数据库中进行检索。通过同CombiLibTM数据库（容易合成的候选药物数据库）的联合，它为药物主要成分的研发提供了快速有效的方法。
在1999年，SBI将启动它的第一个生物信息学产品：SbdBaseTM，一个疾病基因的蛋白产物的结构及其分析工具的数据库。SbdBase为模型工作者、化学家、和分子生物学家提供了从桌面通向专业的蛋白质模型的途径，并带有其分析工具。
ZymoGenetics, Inc.
1201 Eastlake Avenue East
Seattle, Washington 98102
Tel: 206-442-6600 Fax: 206-442-6608
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技术
它的Biomolecular Informatics Department将数据库分拣、分子建模和核酸化学联合起来，在公开和商业化的数据库的cDNA和基因序列中寻找新的蛋白。蛋白结构的专门技术使得ZymoGenetics的科学家们能够找出有希望成为药物靶位点和药物蛋白的序列，以这些序列作为出发点的一系列研究阐明了这些基因所编码的蛋白的活性、生理角色以及可能的药物作用。